1．国家重点学科：神经生物学、生物化学与分子生物学、人体解剖学与组织胚胎学、病原生物学、病理学与病理生理学、航空航天与航海医学、内科学(消化系病)、内科学(传染病)、外科学(骨外)、外科学(胸心外)、外科学(神外)、皮肤病与性病学、口腔临床医学、细胞生物学、军事预防医学
2．国家重点实验室：肿瘤生物学国家重点实验室
3．国家“211工程”三期重点学科建设项目：神经科学、肿瘤生物诊疗学、战创伤外科学、医学细胞生物学、分子医学、航空航天医学、军事口腔医学、病原生物学与重要传染病防治基础、功能性脑疾病的基础与临床、高技术武器防护与特殊环境医学、创新药物研究与开发、军事医学电子工程
4．国家“长江学者奖励计划”特聘教授岗位学科：神经生物学、生物化学与分子生物学、人体解剖学、病理学、航空航天医学、内科学（消化）、内科学（传染病）、外科学（骨外）、外科学（神外）、口腔基础医学、口腔临床医学
5．国家卫生部临床药理基地：西京医院、秦都口腔医学院
6．国家“863”西安细胞工程中心
7．中国癌症基金会肿瘤医学研究所
8．博士后流动站：基础医学、生物学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、生物医学工程、药学
9．博士学位一级授权学科：生物学、生物医学工程、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、口腔医学
10．全军医学研究所：神经科学研究所、基因诊断技术应用研究所、心血管病研究所、消化内科研究所、骨科研究所、骨肿瘤研究所、神经外科研究所、眼科研究所、口腔医学研究所、优生优育围产医学研究所、整形外科研究所、皮肤病研究所、功能神经外科研究所
11．全军医学专科中心：传染病诊疗、神经内科、皮肤病、影像医学、胸外科、微创神经外科、整形外科、耳鼻咽喉科、中医内科、优生优育儿科、优生优育儿童牙科 烧伤中心、器官移植中心、麻醉中心、临床检验中心、风湿病诊治中心、超声医学中心
12．全军医学重点实验室：神经生物学、分子生物学、基因芯片、分子病毒学与分子免疫学、军队流行病学、消化内科学、骨肿瘤、口腔内科学、军事医学电子工程、新概念武器损伤与防治、军事医学心理学、创伤骨科
13．国家重点（培育）学科：影像医学与核医学、外科学（普外）、外科学（整形）、口腔基础医学
