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空军军医大学研究生教育始于1962年，是军队最早开展研究生教育的院校之一。1978年恢复研究生教育，1981年，成为全国首批硕士、博士学位授予单位。2000年6月，经教育部批准试办研究生院，2001年6月正式建院，2004年6月顺利通过评估。研究生院下设招生培养处、学科学位处和三个研究生大队，承担着研究生招生、就业指导、教学培养、学位授予、博士后招收与管理以及学校学科建设、“双一流”、“双重”等国家、军队学科建设重点工程的管理工作。

研究生院依托学校雄厚的办学实力，为研究生的培养创造了良好的学科环境。全校共有博士后流动站9个、工作站1个；一级学科博士、硕士学位授权点12个，二级学科博士、硕士学位授权点51个，自主设置二级学科12个，交叉学科6个；专业学位博士授权点2个，专业学位硕士授权点8个。形成了以医学为主，涵盖教育学、理学、工学、管理学等5个学科门类，学术学位和专业学位相协调的学位授权体系。学校是国家首批“211工程”建设院校，国家“双一流”建设高校，拥有国家重点学科19个，军队“双重”建设学科4个。特种医学、基础医学、口腔医学3个学科进入全国A类，8个学科进入ESI全球前1%、1个学科领域进入ESI全球前1‰。拥有国家临床医学研究中心2个，国家临床重点专科军队建设项目20个，全军医学专科中心28个，军队后勤科研实验室14个，全军医学专业重点实验室15个。

现有研究生导师949人，其中博士生导师375人，硕士生导师574人。导师队伍中有中国科学院院士2人，中国工程院院士5人，教育部“长江学者”34名，“973项目”首席科学家7人，杰出青年基金获得者20人，国务院学位委员会学科评议组成员5人。

截至2023年6月，已为国家和军队养研究生13000余人，其中博士研究生4300余人。目前，在校研究生2005人（含联合培养研究生），其中博士366人。获得全国优秀博士学位论文11篇、提名论文11篇；全军优秀博士学位论文56篇、优秀硕士学位论文76篇；陕西省优秀博士学位论文142篇。毕业生中多数成为了军内外医疗卫生领域的骨干和学科带头人。

建立了比较规范的研究生培养体系，形成了研究生培养与科学研究紧密结合、学术学位与专业学位研究生分轨培养的培养机制，完善了入学选拔、课程学习、课题研究、实践活动、毕业答辩和和学位授予等系列完备的质量保证体系。近年来，积极开展研究生教育教学改革创新，大力开展地方生推荐免试攻读硕士学位、硕博连读、直接攻博、博士课题资助、公派研究生出国项目、完善研究生奖助学金体系等，人才培养质量得到进一步提升。

在新的历史时期，研究生院将紧紧围绕培养符合国家、军队需求的高层次医学人才的目标，以“质量”为核心，深化改革，创新机制，不断推进学校研究生教育科学发展。

(2023年6月16日更新)